La metodologia alla base di EcoTransIt è stata sviluppata dall'Istituto tedesco per la ricerca sull'energia e l'ambiente (IFEU - Institut für Energie und Umweltforschung) di Heidelberg, da Rail Management Consultants GmbH (RMCon), e da IVE mbh, nell’ambito di un progetto di ricerca nato per iniziativa di alcune società ferroviarie europee, tra cui Trenitalia. 

Mentre, per quanto riguarda EcoPassenger, il sistema di calcolo è stato sviluppato dall'Union Internationale des Chemins de fer (UIC), verificato dall’Istituto per la Ricerca sull’Energia e sull’Ambiente di Heidelberg (Germania) e approvato dall’Agenzia Europea per l’Ambiente (European Environmental Agency) nonché dalla Commissione Europea.

Inoltre, in Italia la metodologia è stata sottoposta a verifica da parte dell’Ente per le Nuove tecnologie, l’Energia e l’Ambiente (ENEA).

I parametri forniti dal modello sono consumi/emissioni di:

• Energia (comprende il consumo diretto provocato dal veicolo e i processi di produzione e distribuzione dell'energia consumata);
• Anidride Carbonica;
• CO₂ – equivalente (valido solo per EconTransIT);
• Ossidi di Azoto;
• Idrocarburi non metanici;
• Emissioni di polveri totali;
• Biossido di zolfo (valido solo per EconTransIT).
  

Per Ecopassenger tali parametri sono calcolati per singolo passeggero, mentre per EcoTransIT sono calcolati in base alle tonnellate di merce trasportate o per singolo contenitore (TEU).

Entrambi i software si basano su una banca dati costituita da valori specifici di ogni paese come la dotazione infrastrutturale, l’assetto orografico e il mix energetico nazionale, nonché da valori trasversali ai diversi paesi come i fattori di emissione e i consumi energetici dei diversi modelli di autocarri, treni, navi e aerei.